El Departamento de Agricultura, Sociedad y Ambiente realiza investigación aplicada y básica en torno a las relaciones entre el ser humano y la tierra. Buscamos sinergia entre las ciencias naturales y sociales y privilegiamos la investigación-acción en colaboración estrecha con campesinos, consumidores responsables y sus organizaciones. Estamos conformados por tres grupos académicos: Agroecología, Ecología de Artrópodos y Manejo de Plagas, y Estudios Sociambientales y Gestión Territorial. Nuestros integrantes se concentran en las Unidades San Cristóbal de Las Casas y Tapachula, pero tenemos presencia en Campeche, Chetumal y Villahermosa.

El Departamento de Ciencias de la Sustentabilidad agrupa a científicos interesados en la resiliencia de sistemas socio ambientales. A través de su trabajo los investigadores del departamento se convierten en parte de este proceso al buscar alternativas que promuevan el desarrollo sustentable en los sistemas que estudian. La diversidad disciplinaria de los miembros del departamento les permite estudiar la capacidad adaptativa de los sistemas socioambientales desde seis transdiciplinas: la economía agrícola, la ética ambiental, la ecología política, la ecología humana, la ecología industrial y la agroecología.

El Departamento de Conservación de la Biodiversidad genera conocimiento sobre la diversidad biológica con énfasis en el sureste de México. Sus investigaciones buscan comprender los patrones y procesos ecológicos, evolutivos y sociales que ocurren en los ecosistemas, generando alternativas para su conservación y manejo sustentable.

El Departamento de Salud está conformado por siete investigadores y cinco técnicos académicos (dos titulares y tres asociados), además de personal contratado por proyectos y de apoyo técnico administrativo. Nuestras áreas de especialidad son: Salud y Población; Salud Ambiental; y Sistemas y Políticas de Salud. Entre los temas que trabajamos se encuentran los siguientes: enfermedades crónicas e infecciosas emergentes y de relevancia regional; género y salud de la mujer; salud mental y violencias; nutrición infantil; salud visual; efectos del ambiente en la salud; modelos de atención; análisis de políticas en salud y seguridad social; evaluación del impacto de programas y servicios de salud; bioética y derechos. En el Departamento cursan estudios de posgrado, estudiantes de doctorado, maestría, y además se atienden tesistas y pasantes de licenciatura. Convivimos un grupo plural de distinta formación académica, género, origen y perspectivas, con el interés común en la salud. En sus proyectos se promueve el enfoque de investigación-acción, mediante intervenciones participativas en el ámbito comunitario y de los servicios de salud.

El Departamento de Sistemática y Ecología Acuática desarrolla investigación en tres grupos  académicos (Estructura y función del Bentos, Zooplancton y Oceanografía y Sistemática, Ecología y Manejo de Recursos Acuáticos), alrededor de los siguientes ejes temáticos basados principalmente en el estudio de las comunidades acuáticas principales de acuerdo con su ubicación, sean del fondo del mar (bentos), de la columna de agua con capacidades limitadas de contrarrestar el efecto de las corrientes (plancton), de aquellos que por sus dimensiones corporales pueden nadar independientemente de las corrientes mencionadas (necton), de los procesos oceanográficos oceánicos y costeros, y el manejo de recursos acuáticos.

El propósito del Departamento de Sociedad y Cultura es analizar, de manera integral, la relación entre los factores históricos, económicos, políticos, socioculturales y ambientales en las dinámicas de migración, educación, construcción de conocimientos, trabajo, salud y prácticas socioproductivas. Asumimos el compromiso de debatir, explicar, dar soporte y proponer alternativas de comprensión, respeto y solución a problemas de vulnerabilidad, iniquidad y discriminación social, colaborando con opciones, oportunidades y estrategias surgidas de distintos colectivos y ámbitos que permitan el fortalecimiento de la interculturalidad y la equidad en las relaciones de género, el ejercicio de los derechos humanos, la calidad de vida y el bienestar de los sistemas socioambientales de la frontera sur de México en conexión con Centroamérica y el Caribe. Igualmente buscamos contribuir en la formación y fortalecimiento de personas con alto nivel académico, potencializando su capacidad crítica, humanística y humanitaria e impulsando su participación social a nivel local y regional.